たとえば、常駐プログラムが「xxx.exe」だとする。
その場合、以下のようにコマンドを実行する。

>taskkill /im xxx.exe

これだけでオッケーだ。
たとえば、Microsoft Visual Studioを使用している場合、「プロジェクトの設定」の中にある「リンク前の処理」に、このコマンドを設定しておけば、ビルドをする時に、自動的にプロセスを停止することが出来る。

オプションの「/im」は、イメージ名（実行モジュール名）を指定するオプションである。
他にもプロセスIDを指定するなど、幾つかのオプションがあるので、詳しくはWindowsのヘルプを参照して欲しい。

追記）
いろいろと調べていたら、このコマンドは、WindowsXPからの新コマンドと書いてあった。しかも、Windows XP Professionalだけで、Homeでは使えないらしいので注意して欲しい。（Homeユーザで使う人もいないと思うが…）
それと、当然だが、XP以前のOSでは使えない。